1888年(光緒14年)6月，發生大庄事件，農民、平埔、卑南等原住民數千人之武裝抗爭，群眾襲破水尾防營，劫掠軍械彈藥後，南下焚毀卑南廳署，圍攻張兆連所統領的鎮海後軍，當時營內僅有一百三十餘名官兵駐守，而且水源已被切斷，情勢岌岌可危。在千鈞一髮之際，張統領緊急派兵掘井，並焚香祈求媽祖保佑，果然獲得湧泉，軍心大振，困守孤營長達十七晝夜，直到清朝政府派艦載兵馳援，事變始告平。
張兆連在事件結束後將井取名為「靈泉井」，並立碑石在旁，現今石碑移至天后宮昭忠祠內。
大庄事件平定後，1889年(光緒15年)，張統領為報答神恩，倡議建廟奉祀，率先捐出俸祿並發起官紳士庶募捐。
張統領親自前往台南大天后宮拜謝聖母，恭獻「靈助平蠻」匾額，並積極籌劃建廟事宜。
可惜是年採購建材自台南船運回途中，不幸遇颱風而流失。但張統領並不灰心，隔年1890年(光緒16年)再度募款採購動土興建，原址在今台東市和平街東禪寺，於1891年(光緒17年)3月落成，同時承蒙光緒皇帝御賜「靈昭誠佑」匾額之殊榮，成為了清朝時期，台灣最後一間官廟。
1923年(大正12年)起連續數年受強烈地震與颱風之侵襲，牆柱龜裂嚴重，熱心士紳發起募捐重建。善士吳錦麟慨然捐出現址一千六百坪土地作為廟地，於1930年(昭和5年)動土重建。共斥資四萬元，經歷三年於1933年(昭和8年)完工落成。
1937年(昭和12年)推行皇民化運動，進行寺廟整理運動，主張焚燬神像、廢裁寺廟，所幸台東縣長吳金玉據理力爭，天后宮才可以保存。
1945年(民國34年)，賴金木等士紳發起募捐將廟宇重予整修，於1948年(民國37年)3月完工
第二次世界大戰結束之後，國民政府來台，借天后宮設置「國軍臨時教養院」。
2003年(民國92年)12月31日列入臺東縣文化資產。
關於媽祖的分靈，有兩方面的說法，一說是福建湄洲島。另一說則依《台南大天后宮志》為張兆連對大天后宮獻「靈助平蠻」匾時，分靈至台東興建天后宮，以謝媽祖湧泉救命之恩。
昭忠祠主要是奉祀開山撫番殉難軍民神位。 另外，神主牌的左邊「文將軍」是清朝台東的第一位地方官「袁聞柝」先生。 神主牌的右邊，雙手比「劍指」手勢的「武將軍」，是當時鎮守台東的鎮海後軍統領「張兆連」將軍。
大天后促進為交流，還贈有複製「靈助平蠻」匾給台東天后宮，於2010年(民國89年)11月20日揭幕。
奉祀 ： 天上聖母、城隍爺、土地公、觀世音菩薩、月下老人、註生娘娘、文昌帝君
地址：台東縣台東市中華路一段222號
創建年代：1891年(光緒17年年)
目前建築修築年代：1933年(昭和8年)
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